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如何制备优质单细胞悬液,几个小TIPS包教包会


时下细胞研究很火的科研技术当属单细胞测序,但此技术对细胞悬浮液的总量以及活性都有一定的要求,因此制备高质量的单细胞悬浮液成为实验成功的关键点。


单细胞测序涉及的细胞类型多种多样,如肠、肺、PBMC、胚胎、神经、乳腺、干细胞等,而其中样本的处理消化亦是重中之重,样本前处理与后续的分析结果有着莫大的关联。如何在上机前得到非常优质的悬液呢?这里和大家分享一些制备优质单细胞悬液的tips

1在样本采集过程中,建议采用无菌样品处理方式,包括使用不含核酸酶的试剂和耗材;

2实体组织需要先处理,传统组织处理方法有机械法,包括网搓法、研磨法。机械法一般适用样本类型为脾脏、淋巴结、胸腺;另外较温和的方法有酶解法(使用胰蛋白酶类、胶原酶、溶菌酶、弹性蛋白酶以及一些商业化包装的组合酶),适用样本类型有肝脏、肾脏、心脏、肺脏、脊髓、脑、肠道、皮肤、肿瘤等。


3如果您使用的是10x Genomics相关仪器和平台,可以从官网查看10x Genomics不同样本单细胞悬液制备官方建议或者利用关键词查询与自己样本类型相同的已发表的单细胞测序文献。对于如何获得高质量的样品,10X公司建议在单细胞悬液制备过程中,细胞重悬的缓冲液选用无Ca2+Mg2+EDTA1× PBS,并用0.04% non-acetylated BSA清洗两次(300rcf5min),选择其他缓冲液或培养基可能会对结果产生不同程度的影响。


4细胞在处理过程受到外界环境影响,其基因表达谱可能会出现一些变化;有些细胞对环境极为敏感,可能会死亡裂解,造成RNA降解从而造成检测中的背景细胞升高,进而影响所获得的数据质量。实验过程中需要尽量避免细胞死亡,不断优化细胞处理条件,加快实验流程的进度,减小对细胞的影响。


5单细胞悬液制备过程中出现的细胞团、细胞碎片或纤维等杂质会增加微流体芯片的堵塞风险。如果存在细胞碎片和大团块,请将样品通过 40 µm Flowmi 细胞过滤器,细胞悬液体积损失小。


 

图源:10x Genomics ProtocolFresh Frozen Human Peripheral Blood Mononuclear Cells for Single Cell RNA Sequencing




图源:《10x Genomics®Single Cell Protocols——Cell Preparation Guide



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